La Fondazione crea valore per la società, per l'università, e per le imprese.
Essa promuove la ricerca e gestisce progetti di innovazione, favorendo l'incontro tra la capacità di fare ricerca dell'università e le esigenze delle imprese, come fattore abilitante per creare alleanze strategiche e accedere a bandi di finanziamento pubblici e privati.
La Fondazione sostiene le idee innovative e aiuta i giovani a diventare imprenditori.
La Fondazione Masaccio incentiva la formazione e la valorizzazione delle risorse umane, facendo da tramite tra le esigenze formative delle piccole e medie imprese e le competenze del Centro di GeoTecnologie. Tramite la S.I.A.P.A.T sviluppa e incentiva la formazione professionale continua. Opera a favore dell'internazionalizzazione della Sede Universitaria del Valdarno.